Строительство началось летом 1994 года. Работы были проведены в сжатые сроки, и к зиме возведение храма было окончено. 15 января 1995 года новая церковь была торжественно освящена Патриархом Московским и Всея Руси Алексием II в сослужении с епископом Истринским Арсением при большом стечении народа.


Наш храм освятили в честь святителя Филарета Московского, выдающегося церковного деятеля XIX века. Митрополит Филарет был причислен к лику святых незадолго до постройки храма, на Архиерейском соборе 29 ноября – 2 декабря
1994 года. Наша зеленоградская церковь стала первой в России, посвященной ему. Её посвящение не случайно – Никольский храм во Ржавках был освящен в 1828 году, когда владыка Филарет возглавлял Московскую епархию.


К сожалению, первоначальный деревянный Филаретовский храм простоял недолго. 16 июля 1999 года он был уничтожен пожаром. Огонь вспыхнул в церковном притворе ранним утром и быстро охватил деревянную постройку. Прибывшим пожарным удалось отстоять большую часть здания – местами обрушилась только кровля. Однако весь сруб сильно обгорел и не подлежал восстановлению, почти полностью погибло внутреннее убранство.


Временно для проведения богослужений на церковном дворе была установлена большая армейская палатка, куда перенесли уцелевшие в алтаре горевшего храма престол и антиминс.


Проект восстановления церкви также был выполнен под руководством Игоря Александровича Покровского. Вновь построенная деревянная церковь с небольшими изменениями повторила проект прежней. С учетом опыта первых лет службы новый храм сделали более просторным. На Пасху, 30 апреля 2000 года, в восстановленном храме были возобновлены богослужения.


Первоначально Филаретовский храм был приписан к Никольскому храму в Ржавках. С 23 сентября 2017 года по Указу Патриарха Кирилла он приписан к Патриаршему Подворью в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница».


Еще в 1990-х годах, вскоре после постройки первой деревянной церкви было намечено строительство рядом с ней большого каменного храма высотой до креста 37 м. В те годы экономической нестабильности этим планам не было суждено осуществиться.


Только в наши дни начаты работы по постройке обширной каменной церкви вместе с духовно-просветительским центром в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница».
К настоящему времени разработан проект здания в формах византийского зодчества, в ближайшее время с Божьей помощью начнутся и сами строительные работы.

Проект храма святителя Филарета Московского разработан авторским коллективом под руководством главного архитектора Зеленограда, создателя большинства значимых построек города, Игоря Александровича Покровского.

Наш храм стал самым первым деревянным православным храмом, возведенным на территории города Москвы после 1917 г.